【2025年4月分からさかのぼって適用】通勤手当の非課税限度額引上げへ
所得税法施行令の一部を改正する政令が公布され、通勤のため自動車などの交通用具を使用している給与所得者に支給する通勤手当の非課税限度額が引き上げられました。
この改正は、令和７年11月20日に施行され、令和７年４月１日以後に支払われるべき通勤手当について適用されますが、すべての企業が再計算する必要があるわけではありません。
「いつ支払う通勤手当から適用されるのか」「既に支払った手当はどう扱うのか」について、誤解の多いポイントを中心に分かりやすく解説いたします。
中小企業が今すぐ確認しておきたいポイントとは？
2025年4月にさかのぼり、通勤手当の非課税限度額が引き上げられることが決まりました。
施行は2025年11月20日ですが、実務ではすでに支払っている通勤手当にも影響してくるため、企業としては早めの対応が必要です。
■ 今回の改正で何が変わるのか？
自動車など交通用具で通勤する従業員に支給する通勤手当の非課税限度額が全体的に引き上げられます。
交通機関を利用している人たちは変更ありません。
■ 主な改正内容（片道距離ごとの上限）
■ 年末調整で追加の対応が必要になるポイント３つ
改正前の上限額を超えて通勤手当を支払っていた場合、2025年（令和7年）分の年末調整で調整が必要になる可能性があります。
①改正後の非課税限度額の適用開始時期
改正後の非課税限度額が適用されるのは、 令和7年4月1日以後に支払われるべき通勤手当です。
つまり、4月支給分（4月給与で支給する分）から新しい限度額が適用されます。
＊次の通勤手当には、改正後の非課税限度額は適用されません。
- 令和7年3月31日以前に支払われた通勤手当
- 令和7年3月31日以前に支払われるべき通勤手当で、4月1日以後に支払われるもの
（例：3月分の通勤手当を4月給与で後払いしている場合） - 上記①②の通勤手当の差額として追加支給されるもの
②年末調整で精算する金額
今回、再計算が必要な企業は、改正前の非課税限度額を超えて、通勤手当を手厚く支払い、課税している金額がある場合です。改正後の非課税限度額を適用した場合に、新たに非課税となる部分の金額がある場合には、本年の年末調整の際に精算することになり、新たに非課税となった部分の金額を計算します。
例えば、2025年4月から、通勤手当を15,000円支払っていて、非課税12,900円 課税2,100円としていた場合、改正により、非課税13,500円となりますので、新たに非課税となる金額は、1か月600円となり、これを年末調整で再計算する必要があります。
600円×7カ月（4～10月分）＝4,200円
この金額を、課税から非課税へ振替をします。その分、所得税が下がります。
＊改正前に支払われた通勤手当が改正前の非課税限度額以下の人➡年末調整の際の精算は不要
＊就業規則で「非課税限度額を支払う」・「非課税限度額の範囲で支払う」としている場合、2025年4月の法律の非課税限度額に応じて支払っていれば、差額支給の義務はありません。
③退職者など源泉徴収票の再交付が必要な場合
年の中途に退職した人など、本年の年末調整の際に精算する機会のない人は、確定申告により精算しますが、課税額が減る場合は、限度額の再交付が必要になります。
■ まとめ
今回の改正は、給与計算・就業規則・年末調整・従業員への案内に影響するため、早めの準備が必要です。
当事務所では、
- 就業規則の改定
- 通勤手当の取り扱いの整理
- 社内説明用資料の作成
など、実務に役立つサポートを行っております。
ぜひお気軽にご相談ください。
■参考サイト
通勤手当の非課税限度額の改正について（国税庁）
https://www.nta.go.jp/users/gensen/2025tsukin/index.htm
・通勤手当の非課税限度額の引上げについて
・年末調整で精算する際の源泉徴収簿の記載例
・通勤手当の非課税限度額の引上げに関するＱ＆Ａ
・動画でも分かりやすく解説
